La elección de los temas que abordará el Centro se establecerá mediante la constitución de Programas de Investigación. Cada Programa irá incorporando proyectos que se consideren valiosos, que estarán a cargo de uno o más investigadores calificados por categoría, de acuerdo a su responsabilidad: titular, asociado, adjunto, asistente.
Los proyectos deberán ser elaborados metodológicamente, estableciendo un plan de trabajo para llevar adelante las sucesivas etapas del proceso de investigación.

Los temas a tratar por el Centro serán:

Derechos Humanos

• Determinar la eficacia actual de los mecanismos vigentes de protección a los Derechos Humanos en las instituciones de la región.

• Elaborar un “índice de impunidad o justicia” referido al grado de efectividad en la protección de los Derechos Humanos en América Latina.

Ciudadanía

• Determinar la incidencia de la educación y la cultura en los procesos de integración regional y el avance hacia un “nosotros” latinoamericano.

• Analizar cómo la incorporación de otras agendas en la agenda de la integración permitirá gestar políticas institucionales comunes de los países miembro de un área –MERCOSUR, particularmente–.

• Indagar sobre las condiciones de construcción de una “sociedad multicultural” en el marco de los procesos integracionistas, a fin de que la diversidad cultural no sea soslayada sino potenciada institucionalmente para la “construcción colectiva en diversidad”.

• Analizar las formas en que las dimensiones sociales y culturales, en los procesos mencionados, contribuirán a la conformación de una “ciudadanía regional”.

En la articulación entre ambas dimensiones –ciudadanía y derechos humanos–, y teniendo en cuenta que la gobernabilidad democrática puede ser otra importante dimensión, las investigaciones se abocarán también a:

• Delimitar el rol de las Fuerzas Armadas en Sudamérica, ante las perspectivas del nuevo contexto internacional.

• Analizar la posibilidad de constitución de Fuerzas Armadas Regionales, en el marco de los procesos de integración.

• Indagar acerca de la construcción de una “comunidad de criterios” que aseguren la paz en Sudamérica, a partir de la visualización de conflictos y amenazas comunes.

• Delimitar los criterios de aplicación de los conceptos de Defensa y Seguridad, a fin de proteger los derechos humanos en general y los políticos y civiles en particular